色目人的解释，当然我不是说楼主的解释不对。但仍然有另一种说法，就是“各色名目”的意思。大体上讲，不仅元朝，而且历代封建王朝，都习惯于把在华的外国裔人或外族人另立名目。回族就是这么来的。回族即指在内地的外族人，其实未必是穆斯林，少数犹太人也掺杂在内。后来随着天灾人祸，人口流散，这部分犹太人大都忘记了自己的具体信仰，而仅仅保留了不吃猪肉等和穆斯林一样的民族习惯，到最后就自以为是穆斯林了。
（个别有家谱可查者，还是可以作为犹太人回归以色列的，近年还走了几个）
嘿嘿，说远了。回来。
貌似朱元璋并不特别反感色目人，很多明初将领，像胡大海等人，实际上是回族人。当然，一般认为：未必是穆斯林。（不是说他们可能是犹太人，而是说他们未必信伊斯兰教教，虽然他们的祖上应该是信伊斯兰教的）
明初将领后来大批被杀，也被某些人怀疑为清洗穆斯林...这个就纯属猜测了。
特别反感色目人的，是方国珍。此人以保境安民著称，后来投靠朱元璋，竟然得到善终（貌似）。记得元诗中曾有两句：时清不知风波险，世乱方知性命轻。就是某色目人在方国珍威胁下泛海逃命时所作。
要说杀穆斯林（阿拉伯商人，和移民？），黄巢干得最狠，广州大屠杀是世界性事件。不过黄巢是个吃人魔王（其军队曾经一度长期以人肉为主食），所以杀谁都不奇怪，未必跟穆斯林有仇。方国珍则从不残害百姓，大概是真的有仇了。
