第一∶三峡大坝蓄水之后，清水下泄，造成大坝下游长江干堤发生严重崩岸。
三峡水库蓄水后的实践证明，三峡水库的水面不是一个平面，而是有坡度的斜面。如此发展下去，许多新建的移民城镇要被淹没，就是重庆部分市区也要被淹没，包括朝天门码头，包括许多新建筑。
第二∶所谓的排浑蓄清措施无法解决水库的淤积问题。虽然中央go-vern-ment为了防止砾卵石淤积问题的出现，在嘉陵江和金沙江上建造了和正在建造多座大坝，阻挡砾卵石 和泥沙进入三峡水库，但这根本不是解决问题的办法，最多只是把问题在时间轴上作个推移，把更严重的问题留给子孙。
第三∶三峡蓄水之后，水流变缓，河流的自净能力大减，三峡水库水质明显变坏，特别是过去水质好的支流河段，水质恶化问题更加严重。三峡工程论证时，三峡河段的水质是全中国最好的，大部分河段属于二类水。虽然现在三峡河段的水质为三类水，但是由于这期间水质指标的更改，现在的三类水只是当年的四类水。
第四∶三峡工程的电并没有照亮半个中国，目前三峡工程的发电量不足全国发电量的百分之三。
第五∶三峡工程能达到工程效益的条件之一是未来的气象变化是可知的。三峡水库运行三年的实践证明，现在的科学水准和预测技术都无法保证气象预报（包括长期、中期 和短缺）的准确。2004年秋三峡水库调度出现错误，为了保证发电机能够正常运行，在洪水期间抬高蓄水位，加重上游、特别是开县、万州的洪水灾害。同样， 2006年夏天三峡水库调度再次出现错误，虽然重庆库区已经出现旱灾的迹象，三峡水库仍大规模“泄洪”，造成水库水位不足，加重重庆旱灾的程度。
第六∶三峡水库蓄水之后，三峡地区仪器可测到的地震次数明显增加。虽然到现在为止还没有发生破坏性的地震，但是地震专家认为有可能发生六级或六点五级地震。但是三峡库区的建筑，特别是三峡工程开工之后的新建的民居建筑物都没有抗震设计，一旦发生六级或六点五级地震，一场地质大灾难不可避免。三峡工程可行性论证报告说，三峡库区的滑坡地带一共一百五十余处，三峡水库蓄水至海拔135米后，三峡库区的滑坡地带上升到一千五百余处，是论证报告的十倍。受水库波浪的淘蚀，白帝城所在的山体有可能会坍塌下来的危险，现在白帝城海拔130-180米处加砌水泥围墙，以防万一。但是这水泥腰箍破坏了白帝城的自然和人文景观。
第七∶三峡水库正造成血吸虫病的蔓延，从高发病的湖南、湖北向原没有血吸虫病的重庆、四川发展。三峡库区已经发现血吸虫病患者。
第八∶三峡工程对生态环境的负面影响远超出论证报告所估计的范围和强度。根据台湾的研究报告表明，三峡水库蓄水后，对台湾的东海渔业资源产生不利影响。而国内根本不让进行这方面的研究。
第九∶按照目前的设计，三峡工程根本无法让北京喝到长江的水。要想让北京喝到三峡水库的水，还需要加高三峡大坝，或者新建泵站和隧道、新挖运河，其造价相当于再造一个三峡工程。
