1946年1月31日闭幕的政协会议就政府组织、和平建国纲领、军事以及国民大会和宪法草案五个问题达成了书面的协议。尽管国共双方都认为这一系列决议案都认为与自己的主张存在着距离，但最终也能通过，对于中国实在是莫大的幸事。
1946年2月，国民政府正式任命国民党，共产党，民盟，青年党代表共35人组成宪草审议委员会。根据周恩来的意见，张君劢负责执笔起草新宪草。据张的助手蒋匀田回忆，张君劢在起草宪草时多次私下与中共单独接触，听取中共意见，达成一致后再提交审议会。梁漱溟回忆说：“张君劢这种设计，在野各方面莫不欣然色喜，一致赞成；尤其是周恩来简直是佩服之至，如获至宝。”
不过很快，蒋中正在其2月2日的日记中就表现出有所懊恼的倾向了。他写道：”本周最感苦痛之事，乃为争执协商会议宪草组未提中常会征询意见，即擅自固定宪草修改原则，益觉孙科之易受人愚弄也。”他相信，宪草原则至少应以总理遗教为原则，应取法美国之民主制度。
对于政协会议的结果，马歇尔非常欣赏。政协会议一结束，马歇尔就趁热打铁，马上推动三人小组开始就政军问题进行接触。为了使中国军队能够像西方国家军队那样真正建立在军队与政治分立的基础上，他首先提出了一个《整编中共部队与中国政府军合并至基本方案》。不过，中共中央欣赏的只是“马歇尔所提办法，对于破坏国民党及地方系军队的原来系统是彻底的”，故“应在原则上赞成他的意见”。而对于此一方案试图消除党派对军队的影响等，则名言是马歇尔的幻想，“是今天行不通的”，称“军队中的派系亦将长期存在”，至少蒋中正就不会轻易放弃对军队的控制。因此，中共坚决反对马歇尔整编军队方案中的一些安排，甚至强调“美蒋的目的仍是在政治上让步，军事上取攻势，即最后夺取我之军队。”而中共的办法，是要设法把大部分武装保存到地方部队中去。2月25日，军事三人小组宣布了双方大规模裁减军队方案的协定，中共甚至拒绝该整军方案的要求提供其军队的名单。
同样的，随着政协决议的公布，国民党内对停战、政协不满的强硬派人士在许多场合表达强烈反对的态度。政协闭幕前后的中常会中，CC系骨干“谷正纲反对宪草决议甚烈，至于流泪”。
3月1日，国民党召开六届二中全会，围绕着中共和政协问题，各方吵成一团。蒋中正不得不多次讲话、再三辩解，这才使得二中全会没有全盘否决政协协议。特别是有诸多国民党中常委对政协宪草不满，提议修改宪草，并将其写入中央全会决议。此事引起了中共的强烈反应，并引发国共关系的严重恶化，成为导致国共关系破裂的重大事件。
本来3月15日，周恩来得知二中全会上为政协决议问题激烈争吵，为换取国民党对政协决议不再提出其他修改要求，就对国民党关于宪草问题提出的几点建议作出了三点重要让步:包括同意将无形国大改为国民党提出的有形国大；将省得制定省宪，改为省得制定省自治法；删去宪草决议中如立法院对行政院全体不信任时行政院或辞职或提请总统解散立法院之条文。但中共中央18日明确表示反对，要求周恩来撤销让步，重新坚持原政协决议，毛泽东夜在3月17日电告周恩来：“如果蒋介石坚决要修改宪法原则，我们便须考虑是否参加政府及是否参加国大的问题。我党国府名单及国大代表名单暂勿提出，名盟亦然，请与名盟商酌。闻二中全会决议很坏，我们应展开批评攻势，针锋相对，寸土必争。”
因国共两党之间无法达成妥协，宪草审议也纠缠不休。四月期间，国共两党的主要争议主要在于两点：
一、行政院：国民党坚持宪草中规定行政院长在征求立法院复议前须征求总统核可，中共则认为此规定与责任内阁制精神不符持保留意见，但并未坚持反对。
二、中央与地方关系：国民党坚持地方自治但地方不得制订省宪，且中央须规定地方制订自治法的基本原则，以避免各自为政。中共为其解放区独立起见，坚持要求地方制订法规不需要中央事先设置原则。另外，中共坚持地方法官民选。
这两个问题消耗时间长，争议大，使得宪草审议久拖不决。期间中共代表秦邦宪因地方制度问题与青年党陈启天发生口角，秦邦宪脏话伤人，陈启天率领青年党退席抗议，并坚持要求秦邦宪道歉，致使宪草审议休会一星期。后董必武代秦道歉，但青年党不接受，只得由毛泽东将秦邦宪调回延安，另换李维汉取代。秦邦宪在回延途中飞机撞山，与叶挺等人同机遇难。
随后，审议委员会经过多次会议，最终在4月下旬完成初稿。此时因中共代表坚持保留意见，故宪草审议陷入停顿。自此直到11月制宪国民大会开会，并未再有新的审议。
11月28日，立法院将4月底的初稿提交制宪国民大会，作为制宪蓝本。政协宪草是张君劢依据政协决议案起草而成，它在中央政制的设计上匠心独具，以“五权之名，行三权之实”，打破了“五五宪草”的制度架构，经过修改后，成为中华民国宪法的底本。
