《本草纲目》乃是一部集十六世纪以前中国本草学大成的著作，书中所收集的资料广博，“上至坟典，下至传奇，凡有相关，靡不收集”，因此书中不免有些内容与现代的认识不符，甚至有些可能具有迷信的色彩，例如，铅粉辛寒无毒，现代则认为有剧毒的；又如其中人部收录的孝子衣帽、寡妇床头灰、草鞋、男阴毛治蛇咬、女阴毛治“五淋、阴阳易病”、人魄（人吊死后的魂魄）镇惊吓、人肉疗羸瘵（割股疗亲）、人中黄（人粪）治呕血、梁上尘治昏厥等皆可入药。这部分李时珍大多引用《辍耕录》、《本草拾遗》的说法，采以姑妄信之“凡经人用者，皆不可遗”的态度。另外李时珍并驳斥陈藏器的《本草拾遗》，认为吃人肉疗羸瘵是错误的。不过也正由于巨细靡遗的收录，使得一些已散佚的古代医书及本草借由纲目而保存下来。
