事件发生后，中共中央政治局常委周永康，国务委员、公安部部长孟建柱作出重要批示；公安部，贵州省委、省政府，黔南州委、州政府高度重视。省委书记、省人大常委会主任石宗源，省委副书记、省长林树森要求，尽快依法妥善处置；省委决定成立处置瓮安“6·28”事件工作组，省委副书记王富玉，省委常委、副省长黄康生，省委常委、省委政法委书记、省公安厅长崔亚东，副省长刘晓凯，省武警总队长周爱民，省武警总队政委张生枝及时赶到瓮安，与州委书记吴廷述、州长李月成等领导亲临现场指挥；县委、县政府迅速成立了以县委书记为指挥长的事件应急指挥部，下设劝说疏导组、事件调查组、政策舆论法规宣传组、交通管控组、信息上报组、后勤保障组、医疗救护组、善后建设组等8个应急工作组开展相应工作。武警总部副参谋长薛国强从北京赶到瓮安指导处置工作。
