1949年，南京雨花台建烈士陵园，毛泽东题词“死难烈士万岁”，比南京大屠杀纪念馆建设早30多年。而这一时期官方主要纪念国共内战中被枪决的共产党员和革命群众，因此很长时间里没有宣传日本的南京大屠杀，以致无人知晓。

尽管1951年4月8日的《人民日报》一篇文章中写道：“人们怎么能够设想可以叫南京人民忘记1937年12月13日开始达1月之久的30万人的大屠杀？”但是这种记忆是零星的，中国官方媒体开始出现了集体“缄默”，南京人民也未必知道。

1959年，日本战犯在南京鞠躬悼念雨花台死难烈士。

在“以阶级斗争为纲”的时代，缅怀、纪念国民党屠杀的革命先烈成为热潮，日本战犯来南京都被组织去雨花台默哀，中国人还去日本反战反美、纪念原子弹轰炸死难者，却没有人去祭奠南京大屠杀同胞。文革时，红卫兵说南京大屠杀是“杀国民党”，南京大屠杀遗址毁坏殆尽。在学术界，研究南京大屠杀还是一个禁区。尽管如此，还是有人站了出来。

南京大学历史系老师高兴祖是新中国期间对于南京大屠杀研究第一人。1960年，高兴祖等4位南京大学老师带着7名学生在南京大学及周边的人群中进行调查。 1962年，高兴祖完成了书稿《日本帝国主义在南京的大屠杀》，这也是新中国研究南京大屠杀最早的书稿，但是直到1979年3月，才从油印本变成了白皮书，而且还是内部出版物，不对外发行。这时，中国学术界从故纸堆里发现了即将被彻底遗忘的南京大屠杀，当年中学历史课本中，首次记载南京大屠杀。

1982年，在日本篡改教科书的刺激下，中国学者在申报科研课题时正式提出了对南京大屠杀进行研究。1983年，第一次提出了修建南京大屠杀遇难同胞纪念馆。1984年开始筹建，距离新中国成立35年时间。1985年抗战胜利40周年，南京大屠杀遇难同胞纪念馆建成开馆，爱国主义教育焦点告别了雨花台。南京大屠杀纪念馆馆长朱成山带有深意地说：“没有日本否定历史，还没有南京大屠杀纪念馆!”

初期的南京大屠杀研究，夹杂了太多的民族情感，导致研究还不是很严谨。学者张连红、王卫星等认为，揭批、声讨日军暴行是低端的大屠杀研究，告诉给民众的也是一个不全面的历史。

在20世纪60年代至90年代中期，南京大屠杀研究侧重于具有政治意义和民族主义的实证研究;后来开始转向以民族主义为原则的，运用社会心理学、国际法学、口述史学、法医学等等多种学科理论方法与实证相结合的综合研究;当前开始运用科学的历史观，将人道原则与和平学引入研究，并注重国际学术交流与合作。但是在广度方面，研究偏重于侵华日军在南京大屠杀中的暴行即偏重于对加害者的研究，缺少对南京国际安全区中西方人士即保护者的研究，特别是缺少对南京大屠杀时期南京难民即受害者的研究。在深度方面，事实层面的研究远远多于理论层面的研究，宏观研究多于微观研究。

战后初期，对日本战犯公审，被强奸妇女出庭作证，旁听席上竟然传来笑声。

1987年12月15日，《中国青年报》报道《不准历史重演》，介绍南京大屠杀纪念馆里的游客，有人搓麻将，打扑克，恋人耳鬓厮磨。展厅里人们把机枪、军刀当作玩具调侃，“这枪蛮好”，“这刀漂亮，要自杀这里有刀”，“重机枪小了一点嘛”，并拟音“哒哒哒哒”。他们想必也记住了那段历史，但记住历史并不一定不会漠然。

南京与日本广岛同样遭受战争浩劫。

认真查阅资料发现：南京没有类似于广岛《原子弹灾害白皮书》那样详实深入的专著。南京大屠杀史料收藏家吴先斌认为，日本南京大屠杀研究者是中国的10倍。南京大屠杀死难人数30万以上，精确不到万位，详细名单仅仅3000多人。2004年8月6日，广岛公布原子弹受害死难者共253008人，精确到个位，名单详细记载。

南京难以找到当年屠城遗址，而广岛残骸保存完好，纪念地遍及全城，有500多座纪念碑。广岛和平公园每年接待150万参观者，是南京大屠杀纪念馆的3倍。

1946年开始每年8月6日，广岛举行悼念大会。8点15分，钟声和汽笛声鸣响1分钟，工厂、学校、机关停止一切活动，车辆停驶，人们肃立，全城哀悼。

南京纪念大会1985年开始，不是全城哀悼。

每年日本首相亲临广岛讲话，最高级别为联合国秘书长潘基文，文革前的新中国是唯一一个历年均有代表出席广岛纪念会议的国家，并向原子弹死难者捐献救济基金，却未曾有官员来南京吊唁。

而今，南京大屠杀纪念日没有一位国家领导人出席，市长也不是年年来。

每年广岛5万多人参加纪念大会，占全市人口1／21，最多有75个国家的代表；南京通常2千人左右，仅占全市人口1／4000。