根据政治协商会议决议，制宪国民大会原定于1946年5月5日（孙中山就任大总统纪念日）召开，但因为此时国共两党无法达成改组政府之协议，故中共和民盟拒绝提交名单，会议被迫延期。1946年入夏之后，国共军事冲突扩大，且就改组政府名额问题纠缠不让，最终未能达成一致。在美国特使马歇尔和第三方面反复调停均告失败，国共冲突愈来愈大的情况下，国民政府在10月10日宣布确认11月12日（孙中山诞辰纪念日）召开国民大会，还政于民，及早结束训政。此举立即受到中共坚决反对。第三方面也因此分裂——民盟拒绝参加，而青年党最终决定参加国民大会；民社党毅然决定脱离民盟，单独参加国民大会，但仅占用原在民盟内部分配给民社党的40个名额，以盼民盟回心转意参加国大。共匪方面在后来表示：是否参加“伪国大”是该政党是否站在“人民”一边的试金石。
国民大会原定于11月12日开幕，但因等待青年党和民社党提交名单，延期三天。11月12日为孙中山冥寿，国府主席蒋中正率全体到会代表拜谒中山陵。11月15日，大会开幕当天，蒋中正又率全体代表到灵谷寺祭奠抗战先烈，告慰他们的在天之灵。此后大会进入休会阶段，等待民社党提交名单。
1946年11月20日，民社党终于提交名单参加大会，此时除中共和民盟代表外总人数已达到3/4法定开会人数，故大会暂留两党席位，照常举行。除了原本在中国大陆各地各界选出的代表外，还增加了来自中华民国三十四年（1945年）光复的台湾省的代表参与【实际到会代表除了1936年民选代表及部分遴选产生的无党派代表外，另有国民党，青年党，和民社党的政党代表。共匪代表和民盟拒绝参会成为该国大的重大裂痕】——从此，全国各地代表云集南京，开始制定中华民国的根本大法（宪法）。
国民大会会议的议程是三读会模式，即一读会由各代表对草案广泛发表意见，交付审查，至审查报告提出讨论为止；二读会则根据一读会提出的修正案逐条讨论通过；三读会则是文字更正与整理，并作出表决。
制宪国民大会讨论宪草的蓝本来自当年4月底根据政治协商会议成立的宪草审议委员会审议版本，即“政协宪草”。11月28日国民政府主席蒋中正将政协宪草以立法院之《中华民国宪法草案》名义提交大会审议。大会开始一读会阶段。
一读会期间，因国民党籍国大代表对“政协宪草”远离孙中山五权宪法理论颇为不满，在开始的一周审议后，将宪草重新修改回五五宪草的式样。中国民社党蒋匀田为维护政协宪草，宣称民社党将离席抗议。在这种情况下，国民党总裁兼国大主席团成员蒋中正劝说与会的国民党代表忍让为国，尊重民主党派的意见，将宪草恢复原样【参见：蒋中正，本党对国民大会和宪法问题应有的态度，1946年11月25日】。在这种情况下，国大召集紧急会议，代表重新审议宪草，一周后将其基本恢复至政协宪草原样【参见：蒋匀田，中国近代史的转折点，香港 友联出版社，1976年】。随后，一读会对政协宪草提出大量修正案，但多因国民党和民社党领袖对本党代表之劝告引导，大部分修正案均以违反政协决议为由否决（在一百五十一条修改案中，一百零四条遭到否决。），而维持政协原宪草。
民社党代表领班人蒋匀田认为【参见：蒋匀田，中国近代史的转折点，香港 友联出版社，1976年】，一审会后恢复的宪法草案98%来自政协宪草，这不仅得到了民社党的赞许，并得到了蒋中正的认同。蒋中正明确表示希望该宪法为内阁制，他说“因为共产党现在唯一的希望，就是希望我们在宪法中扩大总统和行政部门的权限，然后他好在国际上宣传我们的宪法是法西斯的宪法，借此来打击政府。各位同志切不可中他们的诡计！”【参见：蒋中正，政府对于中共问题所持之方针，1946年12月9日】。
一读会在12月21日正式完成，同日大会进入二读会逐条审议通过阶段。此时宪法主体基本完成，具体细节问题争议不断。二读会在12月24日完成，大会进入三读会阶段。宪草文字上仅有细小修改，随之大会三读通过了基于政协宪草蓝本的中华民国宪法。
制宪工作完成后，制宪大会同时制定了宪法实施之准备程序，定于1947年1月1日公布，12月25日实施。大会主席吴敬恒亲手将完成的宪法和实施准备程序交由蒋介石。国民政府历时二十余年的制宪工作终于宣告完成，国家开始步入宪政时期。
制宪国民大会花絮
①由于参加大会的有民社党，青年党等反对党，他们入场发现会场上悬挂有中国国民党党旗，立即起立发言。民社党代表蒋匀田认为制宪国民大会乃全体国民大会，非一党大会，如挂国民党党旗，也应挂民社党，青年党党旗。建议只悬挂国旗【参见：蒋匀田，中国近代史的转折点，香港 友联出版社，1976年】。这个意见被采纳，国民党党旗撤下，只保留青天白日满地红国旗——在此后的行宪国民大会及民国政府场所中，仅悬挂国旗成为惯例。
②依照国大组织法，国大代表应当宣誓，而誓词中有三民主义等字样，较适合国民党国大代表。因此，青民两党认为孙中山先生思想很多并不适合他们两党，不能完全拘泥。青年党领袖余家菊更是表示：“宪法草案所规定的信仰自由和思想自由，应当立刻实现。我们尊重国民党朋友的信仰自由，同时也保持自己的思想自由。我们不参加补行宣誓的理由，就是这样。”
1947年1月1日，国民政府颁布宪法。按照国民大会的决议，宪法应当在一年之后正式实施，在此之前，国民政府作为“看守政府”负责检查现行普通法律是否与新宪法抵触，并着手选举代表等行宪准备工作以便在行宪之后移交政权。
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